La producción de sustancias malolientes, los más frecuentes los Compuestos Volátiles de Sulfuro (CVS), se asocia a los productos resultantes de la degradación del metabolismo de las bacterias, generalmente las bacterias anaerobias gram-negativas, que se localizan principalmente en la zona posterior del dorso de la lengua y en otras localizaciones como bolsas periodontales. 

Las causas de la Halitosis oral pueden ser patológicas y no patológicas. 

Las no patológicas serían:

Aliento matutino: durante el sueño el flujo de la saliva disminuye, ello facilita el crecimiento incontrolado de bacterias productoras de gases malolientes.
Edad: la calidad del aliento cambia con la edad. Es probable que los ancianos sufran cambios regresivos en las glándulas salivales y afecten a la calidad y cantidad de la saliva, incluso con una buena higiene bucal.
Prótesis dentarias: las dentaduras postizas y puentes pueden acumular restos de comida. Si se dejan toda la noche se produce un desagradable y característico olor.
Fármacos: existen medicamentos que producen xerostomía (boca seca), como los anticolinérgicos, antidepresivos, etc. La saliva favorece la limpieza de cavidad oral y reduce el mal olor. 
Tabaco: fumar crea un aliento característico que puede durar algunos días más, incluso después de haber dejado de fumar.
Periodos de ayuno: saltarse las comidas y llevar una dieta hipocalórica puede favorecer el mal aliento.
Dieta: después de la ingesta de algunos alimentos (cebolla, ajo) o el consumo de alcohol, ciertos metabolitos pueden absorberse a nivel gastrointestinal, pasan a la circulación, se metabolizan en la mucosa e hígado y son expulsados por los pulmones.
Las causas patológicas:

Enfermedad periodontal, caries.
Higiene oral deficiente, la falta de eliminación de biofilm oral (placa bacteriana), provoca el crecimiento bacteriano. Los lugares donde se suelen acumular las bacterias son la lengua, espacios interproximales, área subgingival, abscesos. La lengua es la localización de mayor predominio de las bacterias anaerobias en la boca.
Causas ulcerativas: úlceras traumáticas, infecciosas, estomatitis.
Faringe: infecciones víricas, bacterianas o fúngicas.
Necrosis por radioterapia y quimioterapia en pacientes con neoplasias.
Las causas de la Halitosis extraoral podrían ser: nasales (sinusitis), enfermedades digestivas, enfermedades respiratorias, enfermedades sistémicas (diabetes mellitus mal controlada, infección renal, disfunción hepática, Síndrome de Sjögren, artritis reumatoide, etc.).